De los primeros años de John Napier se sabe poco. Hasta los 13 años, como era costumbre en la nobleza, no empezó a ir al colegio, aunque no estuvo mucho tiempo. De ahí en adelante se cree que viajó por centro Europa y hasta la edad de 21 años, 1571, no volvió a escocia.
Al año siguiente de su vuelta a Escocia contrajo matrimonio con Elizabeth Stirling, con la cual tuvo 2 hijos antes de su muerte en 1579. Después se casó con Agnes Chisholm con la que tuvo 10 hijos más. A la muerte de su padre en 1608 se mudó con su familia al castillo de Edimburgo, donde residió el resto de su vida.
Con su trabajo, Mirifici Logarithmorum Canonis Descriptio (1614), Napier introdujo el concepto de los logaritmos naturales. Un avance tremendamente importante en el mundo de las matemáticas. Para el cálculo de los logaritmos Napier creó un juego de palillos, llamado Napier’s Bones.
Aunque los aportes más importantes de Napier estuvieron en el ámbito de las matemáticas para el solo consistía en una distracción. Lo que realmente le interesaba era la teología, concretamente la exégesis del Apocalipsis. De sus años de estudiante en Salvator’s College, St Andrews, Napier desarrolló una fuerte aversión antipapal. Usó el Libro dela Revelación para predecir el Apocalipsis. En su libro Descubrimientos de todos los secretos del Apocalipsis de San Juan, el cual Napier considera su obra más importante, databa el fin del mundo en 1688 o 1700.
Una unidad alternativa al decibelio, usado en ingeniería eléctrica es el Neper. También una Universidad Escocesa ha sido llamada por su nombre. Además de un cráter en la Luna.
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