En 1925 gano la beca en Maryland que le permitió el acceso a la “Johns Hopkins University”. En 1932 completó el doctorado, y hasta 1941 impartió clases en “Ursinus College”, cerca de Philadelphia.
En 1941 Mauchly hizo un curso en la universidad de Pensilvania donde conoció a John Presper Eckert. El problema principal en el que basaba sus estudios la “Moore School” era la balística: el cálculo de tablas de tiro para el gran número de armas nuevas que la armada de los EEUU estaba desarrollando para sus objetivos militares.
En el 1942 Mauchly escribió un memorándum proponiendo la construcción de un ordenador electrónico de propósito general. La Armada acordó con la “Moore School” construir la Electronic Numerical Integrator and Computer (ENIAC). Mauchly encabezó el diseño conceptual mientras que Eckert llevó a término la ingeniería del Hardware de la ENIAC. Fueron otros los ingenieros que ayudaron a Mauchly y a Eckert, pero estos dos fueron los más importantes.
En 1949 los dos construyeron el BINAC, construido para una compañía aérea, en este sistema los datos se almacenaban magnéticamente en vez de en tarjetas perforadas.
Mauchly y Eckert empezaron a plantearse la idea de realizar un segundo ordenador llamado EDVAC. Para este nuevo proyecto también se unió John Von Neumann.
También crearon la UNIVAC, esta computadora fue la primera comercializada en EE.UU y se vendieron 46 unidades.
Mauchly con la experiencia que había obtenido creando la Eniac creó el “SHORT CODE”, que era el primer lenguaje de programación usado actualmente en un ordenador.
El resto de su vida lo dedico a los ordenadores, en 1966 recibió el premio concedido por la Computer Society por su aportación al desarrollo de las computadoras
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